| Titre : | Coronavirus phylogeny based on a geometric approach |
| Auteurs : | Wen-Xin Zheng, Auteur ; Ling-Ling Chen, Auteur ; Hong-Yu Ou, Auteur ; [et al.], Auteur |
| Type de document : | article scientifique |
| Editeur : | Amsterdam : Elsevier, 2005 |
| Collection : | Molecular Phylogenetics and Evolution, ISSN 1055-7903 |
| Format : | p. 224-232 |
| Langues: | Anglais |
| Catégories : |
[Ecoplanète] 0100 - ECOLOGIE/MILIEUX NATURELS > 0102 - ETRES VIVANTS > CLASSIFICATION PHYLOGENETIQUE [Ecoplanète] 1100 - HYGIENE - SANTE - MEDECINE [Ecoplanète] 1100 - HYGIENE - SANTE - MEDECINE > SANTE [Ecoplanète] 1700 - SCIENCES > 1703 - SCIENCES DE LA VIE > SCIENCES DE LA VIE > BIOLOGIE > MICROORGANISME |
| Tags : | Coronavirus ; SRAS-CoV |
| Résumé : |
Traduction : Un nouveau coronavirus a été identifié comme la cause de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Des analyses phylogénétiques antérieures basées sur des alignements de séquences montrent que les SRAS-CoV forment un nouveau groupe éloigné des trois autres groupes de coronavirus précédemment caractérisés. Dans cet article, une approche géométrique basée sur la représentation en courbe en Z de l'ensemble de la séquence du génome est proposée pour analyser les relations phylogénétiques des coronavirus.
Les distances évolutives sont obtenues en mesurant les différences entre les courbes Z tridimensionnelles. La courbe Z est approximativement décrite par son centre géométrique et les trois vecteurs propres associés, qui indiquent respectivement la position centrale et la tendance de la courbe Z. Bien que certaines informations soient perdues en raison de la description approximative de la courbe en Z, l'arbre phylogénétique construit sur la base de ces paramètres est cohérent avec ceux des analyses précédentes. La méthode actuelle a le mérite de la simplicité et de l'intuitivité, mais elle en est encore à son stade prématuré. Parce que les relations phylogénétiques sont déduites de l'ensemble du génome, au lieu de certains gènes individuels, la présente méthode représente une nouvelle direction de l'étude de la phylogénie dans l'ère post-génome. |
| En ligne : | http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1055790305001077 |
